Согласно результатам судебно-медицинской экспертизы, на которые ссылается издания, перед смертью Пшеничного изнасиловали. При этом, как показало исследование, сделали это не сами сотрудники СИЗО, а «кого-то запустили со стороны». Также на теле предпринимателя нашли резаные и колотые раны. Позвоночник обвиняемого оказался сломан. Во рту Пшеничного нашли следы ударов током, оставленные, предположительно, шнуром от кипятильника.
По данным «Новой газеты», Пшеничный находился в камере изолятора вместе с тремя другими арестантами. Днем 5 февраля двоих из них увели на следственные действия, а третьего — на встречу с адвокатом. Согласно записи с камеры наблюдения, через 15 минут из камеры вывели и предпринимателя. Он не покидал здание СИЗО, однако где он находился и когда и при каких обстоятельствах вернулся в камеру, неизвестно. Около 16 часов 5 февраля конвойный привел в камеру одного из соседей Пшеничного, который и обнаружил тело.
По версии сотрудников СИЗО, Пшеничный повесился на шнурке из капюшона толстовки. Надзиратели также рассказали, что перед этим он пытался совершить самоубийство с использованием супинатора, вынутого из кроссовок, и включенного в розетку шнура от кипятильника.
Валерий Пшеничный был арестован 18 января 2018 года по решению Октябрьского районного суда Санкт-Петербурга. Следствие считает, что вместе с заместителем главного инженера АО «Адмиралтейские верфи» Глебом Емельченковым он похитил не менее 100 млн рублей, необоснованно завысив стоимость контракта на проектирование подлодки «Варшавянка». «Новая газета» сообщает, что в 2016 году по этому же делу арестовали директора принадлежавшей Пшеничному компании «НовИТ Про» Андрея Петрова. В СИЗО Петров дал показание против Пшеничного и Емельченкова. После этого их арестовали, а Петров вышел на свободу.
